Helloworldについてアニメ慣れ全くしていない嫁に説明した上で映画見てもらったら理解がマシなったようなので考察含め記載していきます。
個人的な意見とネタバレがかなり含まれているので、ある程度アニメを見ている人であれば映画を見てから読むことをお勧めします。（こんな考えの人もいるんだな程度で・・・）
感想についてもこちらで書いてます
9月20日公開済「HelloWorld」感想３つ（ネタバレ）
以降の考察は 嫁に図で説をしてみた時に使った内容と人物をデータとして考えた時の流れを前提に進めます。
１．結局どういう世界構成だったのか
（ 仮想世界の入れ子状態）
作中では中から外に外にという流れとなり、段々と明らかになっていく所が面白いのかと思いますが、理解する上では恐らく現実から話した方が良いだろうと思います。
まずは現実目線から、現実は何年かは映画では語られていませんでしたが、2037年よりも後の時間でしょう。瑠璃は健在で直実が意識が無い（脳死？）状態で瑠璃が直美を回復させるために量子コンピュータ（多分）を使い2037年の仮想世界をシミュレートさせる（その際、現実とは逆に瑠璃が脳死ということで設定）
次に2037年仮想世界ではルリの脳死を回復させたいナオミが量子コンピュータ（ALLTALE)を使い更に仮想された2027年に対してアクセスを試みる
最後は仮想世界の中の仮想世界、エミュレートされた2027年、そこに存在している直美が本作の主人公、仮想世界であることを知らなければ普通に高校生活を送っていたであろう高校生の物語
これは今のパソコンに置き換えて考えるとパソコンの中に仮想パソコンを立てるのによく似ている。今ではWindows10やMacOS等でも利用可能な機能で、今ブログを書いている自分がいる世界（現実）と入力されているWindows（仮想）上で動くWindows仮想マシン（仮想in仮想）と考えれば分かりやすいだろう。
パソコンの代わりに量子コンピュータという莫大な記憶領域と計算機能を備えた装置が用いられ、Windowsの代わりに過去の世界を全てシミュレートしていると考えると、過去をシミュレートしているのだから当然仮想の世界にも量子コンピュータは発明され、その中に更に仮想の世界を作っているという入れ子の状態になっている。
以上が映画で分かる世界の構成となる。2027年より以前は量子コンピュータがデータの蓄積をしていないため更に仮想世界という事は無いかと思うが、おそらく現実として考えられる最後の世界も実は仮想世界という可能性も考えられる。
2．すべてデータという考え方で捉えると・・・
建物も人も空気も全て量子コンピュータによるデータ処理と考えると次のように考えられる。
・ナオミは2027年直美に指示を出す事によりデータの入力を行っていた
・2027年の直美と瑠璃は順調に恋愛を行いデータを蓄積していった
・2027年仮想世界へのデータアクセスが可能な黒いカラス（操作端末）を駆使し、瑠璃を落雷から助けるなどし、データの蓄積が一定以上溜まったため、そのデータをルリの脳へ流し込んだ（データ変換）
・現実の瑠璃が2027年直美に与えた2037年仮想世界にデータアクセス可能な金のカラスを利用し2027年の直美データを2037年に具現化させた（データ転送）
・2037年用に変換されてしまった2027年瑠璃のデータを再度2027年度要にデータ変換を行った（大階段の処理）
・制御装置が無くなった2037年ALLTALEが無限の可能性を計算し、新たな世界を創造したため、現実の干渉を受け無くなり、2027年からデータ転送により具現化していた直美は強制的に2037年ALLTALEの中の仮想世界に戻される（おそらく戻された無数の世界の中で戻る直前に瑠璃に付けられたカラスの羽がビーコンとなり同一の世界に行けたのだろう）
３．最後に目覚めたのは直美？ナオミ？
私は2027年直美だと思っていたのですが、嫁がナオミの方が皆救われるんじゃね？という話をされ、その通りだと思ったのでそちらが良いと思いました！
最後に
どうやらこのHelloWorld小説が先に出ているらしく、そこでは映画では語られていない内容が書かれていそう（現実世界がいつ？とか）
機会があったら読んでみたいと思います！
